Le retable est l'élément le plus ancien du maître-autel actuel. Le caractère très architecturé de sa composition et certains détails ornementaux autorisent à le dater des dernières décennies du XVIIe siècle, époque de l'acquisition de la baronnie de Caupenne par Bernard de Cès (1654-1725), riche et influente personnalité de la sénéchaussée de Saint-Sever. Peut-être le nouveau seigneur a-t-il contribué, voire procédé en personne à la commande de ce meuble monumental, d'une richesse étonnante pour la modeste paroisse de Caupenne.
Le relief sommital de son attique est identique à un élément du retable démantelé de l'église de Narrosse (réf. IM40003990), commune située aux portes de Dax. Si les deux meubles sont bien l’œuvre d'un seul et même atelier, il est possible que celui-ci ait été situé à Dax, siège de l'évêché, qui possédait alors une activité importante dans le domaine de la facture de mobilier religieux.