La paroisse Saint-Saturnin, prieuré cure régulier, dépendait de l’abbaye de Vertheuil. Si aucune trace de sa fondation n’est connue à ce jour, son chevet du 12e siècle est conservé.
A la fin du 18e siècle, l’abbé Baurein indique que "l’église de Bégadan est grande, sa structure est belle […]. Il y a deux cloches, l’une placée sur l’arche du sanctuaire, et l’autre sur l’entrée de l’église ; mais l’une et l’autre sont sans couverture".
Sur le plan cadastral de 1831, elle est représentée de plan rectangulaire avec une abside semi-circulaire. En 1841, la refonte de la cloche est réalisée par le fondeur Deyres et le forgeron Greteau.
D’après les dessins réalisés par la commission des Monuments historiques en 1842, l’édifice se composait d’une nef avec des bas-côtés, d’un massif occidental avec une porte insérée dans un portail à trois arcades en arc brisé, surmontée d'une haute baie en arc brisé et d'une plus petite. Le couronnement était formé d'une corniche moulurée et de créneaux. Deux contreforts encadraient et soutenaient cette façade. Les vestiges d'une tour étaient conservés à l'aplomb de la façade, au nord. Le décor sculpté était concentré à l'est, au niveau de l'abside semi-circulaire.
Dans les années 1850, le conseil municipal décide de faire restaurer l’église et de déplacer le cimetière. Le projet de restauration retenu est celui proposé par l'architecte Paul Abadie. Il comprend des travaux au niveau de la nef et des bas-côtés ainsi que la construction d’un clocher. Les travaux sont confiés à l’entrepreneur Hosteing aîné. La translation du cimetière, entre 1853 et 1856, désenclave une partie des murs de l’église. Les travaux au niveau de la nef et des bas-côtés sont achevés entre 1858 et 1859. En juin 1858, quatre fleurons sculptés, pour orner la base de la flèche, sont commandés au sculpteur Léon Baleyre. En 1862, le clocher est terminé. Le beffroi commandé au maître charpentier de Civrac, Gauthier, est posé en septembre 1864.
L’abside romane ne fait pas partie de cette campagne de restauration. Léo Drouyn, en visite dans le Médoc en avril 1858, relève la qualité de la sculpture intérieure et extérieure. Après d’autres relevés et rapports, l’abside est classée au titre des Monuments historiques en 1862.
La construction de la tribune, selon les plans de Edouard Bonnore, est terminée en 1866.
Dans les années 1870, le clocher fait l’objet de réparations, avec notamment le remplacement de pierres salpêtreuses.
Vers 1886, des travaux de consolidation du clocher sont exécutés selon le devis fourni par Edouard Bonnore.
Entre 1907 et 1911, l’architecte Rapine accompagné de l’entrepreneur de Bégadan, Rey, réalise des travaux de restauration au niveau de la charpente et de la couverture de l’abside. En 1911, selon les préconisations de l’architecte bordelais Jules Savignac, le clocher fait à nouveau l’objet de travaux pour le remplacement de pierres salpêtreuses. En 1936, une réfection du plancher du clocher et la construction d’abat-son sont terminées.