La tour cylindrique est construite sur ordre de Colbert entre 1669 et 1682 d’après les plans de l’ingénieur Augier par Maurice Coulom, entrepreneur à la Rochelle. D'après un plan établi par Vauban, elle était destinée, avec le phare de Chassiron, à détourner les navires des rochers dangereux des Baleines et à servir de couverture au port militaire de Rochefort. Un petit bâtiment voûté est construit au pied de la tour pour y stocker les combustibles du feu de signalement.

Le feu, alimenté par de l'huile de poisson, est muni d'un chandelier de 18 mèches de coton, et brûle au sommet dans une lanterne de pierres vitrée. Les marins se plaignent, dès 1685, de la mauvaise qualité de cet éclairage car les épais trumeaux cachent la lumière et les vitres sont très rapidement encrassées. En 1718, les fenêtres sont agrandies. En 1736, la première lanterne en pierre est démontée et remplacée par une structure métallique forgée par Joseph Laurent maître-serrurier à Saint-Martin-de-Ré. Le foyer de la lanterne est alors alimenté par du charbon. En 1777, des réflecteurs Tourtille-Sangrain (2 x 8 réflecteurs munis de 40 mèches de 8 et 14 pouces de diamètre) sont installés dans une nouvelle lanterne octogonale.

En 1820, le phare est doté d'une nouvelle lanterne dessinée par l'ingénieur Lescure-Bellerive, composée de dix réflecteurs Bordier-Marcet à double-face. Le système de feu fixe du phare est remplacé par un feu tournant grâce à l'installation d'une machine de rotation de Wagner. Le bâtiment de stockage est agrandi pour pouvoir y loger les gardiens et leur famille.Rapidement, la vieille tour est jugée inapte au service. Son exhaussement étant estimé trop onéreux, la construction d'une nouvelle tour à appareil lenticulaire, en 1854, est privilégiée en même temps que celle d'un feu de troisième ordre sur le Haut Banc du nord.

La Tour est restaurée en 1934 et en 1936. En 1949, une école de formation de gardiens de phare est installée dans le bâtiment au pied de la tour. L’école accueille des élèves gardiens originaires de France métropolitaine, d'Outre-Mer, des colonies françaises Saint-Pierre-et-Miquelon, d'Algérie, etc. Son activité cesse en 1970. Cet espace est entièrement restauré entre 2005 et 2007 pour y accueillir un espace muséographique.