Des bâtiments figurent à cet emplacement sur le plan cadastral de 1825.
Toutefois, la demeure est certainement construite dans la 2e moitié du 19e siècle. D'après les augmentations et diminutions du cadastre, Jean Signoret démolit une maison sur la parcelle F831 en 1869 et construit une nouvelle maison en 1872.
L'histoire du domaine Beau Site est étroitement liée à la famille Grazilhon, alliée à la famille Seguin depuis le mariage de François Grazilhon et Françoise-Wilhemine Seguin, le 27 novembre 1866.
Dans l'édition de 1868 de l'ouvrage de Cocks et Féret, Beau-Site appartient à Grazilhon fils, tandis que Haut-Vignoble appartient à Seguin.
Dans l'édition de 1874 de l'ouvrage de Cocks et Féret, le domaine Beau Site Grazilhon est illustré : ce n'est pas la demeure qui apparaît mais le vaste mur de clôture avec pavillons. A cette époque, la maison n'appartient peut-être pas à Jean Grazilhon (en tout cas, c'est Jean Signoret qui semble la faire construire en 1872) et est probablement acquise plus tard. Il est aussi précisé que le domaine "possède de belles caves voûtées favorisant la conservation et l'amélioration des vins".
Au début du 20e siècle, cette même famille Grazilhon est à la tête de plusieurs domaines à Saint-Estèphe : château Le Boscq, château Beau Site Grazilhon, Haut Vignoble Seguin et Le Vigneau, comme l'indique la planche photographique de l'ouvrage d'Henry Guillier.
En 1922, le Château Beau-Site appartient à Madame Faugeras, puis en 1924, il est repris par un courtier en vins, Pierre Braquessac.
Dans les années 1960, la propriété est divisée : le clos et les dépendances de l'autre côté de la route sont vendus à la famille de négociants Borie-Manoux et deviennent le Château Beau Site ; la maison prend le nom de Château Beau Site Haut Vignoble ; ce domaine dispose aujourd'hui de bâtiments de dépendance complémentaires au nord du hameau.