La seigneurie de Champagné existe au moins depuis le 15e siècle : elle avait alors son siège au logis du Grand Champagné, dont il ne reste que des vestiges, au coeur du village du même nom. Le Petit Champagné n’existait sans doute pas avant le 4e quart du 18e siècle : il fut édifié par la famille Mallat, également propriétaire des logis de Poursay et de la Bertinière, qui souhaitaient sans doute une demeure plus confortable et plus moderne que le vieux logis du Grand Champagné.

A la Révolution, Jacques-Louis Mallat émigre et ses domaines sont saisis comme bien nationaux : les logis du Petit et du Grand Champagné sont adjugés ensemble à l'été 1794. Il est écrit, concernant le Petit Champagné : "un corps de bâtiments composé d’un pavillon au-dessus de portail, un chai, deux chambres, une cuisine, une écurie à huit bœufs, une grange à four et deux petits appends, une allée de cerisiers devant le portail". L’ensemble est dit "neuf et bien solide", probablement même inachevé si l’on en juge par l’absence de véritable maison de maître. L'ensemble comprend également terres et jardins, ainsi que la maison de métayer et ses dépendances (situées de l’autre côté de la route).

Le cadastre napoléonien de 1830 mentionne effectivement un grand ensemble en L, dont il subsiste aujourd’hui le corps comprenant le pavillon-porche : il s’agit de l’accès originel du logis. Un second portail, couvert, fut édifié à l’opposé en 1825. La demeure actuelle a été édifiée après 1830 et précédée d’un nouveau portail, cette fois-ci à piliers. La grille en fer forgé, du 18e siècle, proviendrait du logis voisin de l’Isle. La métairie a quant à elle été très transformée dans la 2e moitié du 20e siècle. Le cadastre de 1830 figure les bâtiments actuels ainsi qu’une tour à l’angle du logement, à ne pas confondre avec la tour actuelle, relativement récente.