La première mention relativement précise du mobilier de l'église de Saint-Yaguen figure dans le procès-verbal de la visite pastorale de Louis-Marie de Suarez d'Aulan, évêque de Dax, en date du 27 avril 1740. Le prélat trouve alors dans "l'église paroissiale St Agané vulgairement St Jaque" "un maître-autel avec tabernacle et retable, 6 chandeliers et un crucifix, le tout en bois doré et en assez bon état", un "balustre de la communion un peu en désordre et vieux" et une "chaire à prêcher assez bonne, mais son escalier est en désordre". La chapelle de Notre-Dame, au nord, est en assez bon état, mais celle du midi, dédiée à sainte Madeleine et appartenant à un propriétaire privé, est abandonnée. Les visites suivantes n'ajoutent pas grand-chose à ce constat, sinon que Charles-Auguste Le Quien de Laneufville, dans son ordonnance du 19 mai 1783, recommande de placer "dans l'enceinte des fonts baptismaux un tableau de St Jean" (probablement un Baptême du Christ), d'acquérir un coffre-fort à deux clefs et de vendre "le petit calice et le soleil (...) pour en être acheté un soleil plus grand et plus décent". La Révolution, qui semble respecter le mobilier de l'édifice, entraîne en revanche, le 4 décembre 1792, la confiscation de son argenterie, "consistant en une grande croix en trois pièces et un encensoir et une navet[t]e, le tout du poids de treize marcs, six onces". De fait, aucun objet ancien ne figure actuellement parmi les pièces d'orfèvrerie conservées à la sacristie.
La première moitié du XIXe siècle, après le rétablissement du culte (1801), est consacrée à consolider le mobilier ancien. En 1829, on redore le maître-autel (avec son retable à colonnes corinthiennes cannelées) et on repeint le lambris du sanctuaire, l'autel de la chapelle de la Vierge et la chaire. Un nouvel autel marial est fabriqué entre 1824 et 1838 par un menuisier de Montaut "plus habile à faire des tables de cuisine que des ouvrages d'église". Ces menues réparations et ajouts, toutefois, ne suffisent pas à arrêter la ruine de cet ensemble, aggravée par l'état alarmant de l'édifice lui-même, que Mgr Lanneluc menace d'interdire en 1844. Les travaux menés en 1845-1846 (plafonnement de la nef, nouvel escalier à la tribune, etc.) ne concernent cependant pas le mobilier proprement dit (seules les cloches sont remplacées, en 1834 et 1862), et il faut attendre l'arrivée à la tête de la paroisse du jeune abbé Louis Desbordes (1841-1925), en 1870, pour que soit entrepris un renouvellement devenu indispensable. La construction d'un nouveau bas-côté au sud et l'allongement de l'ancienne chapelle Notre-Dame au nord suscitent en 1871 et 1872 l'achat de deux nouveaux autels dédiés à saint Joseph et à la Vierge (ce dernier installé dans le collatéral neuf), auprès d'un "artiste du Mans" et du marbrier toulousain Léopold Gabens. Le peintre-doreur tarusate Jean Joseph Jules Ponse complète le décor de la chapelle mariale par des peintures ornementales. Peu de temps auparavant, le vieux maître-autel du XVIIe siècle avec "ses frises du plus pur style corinthien" avait été dépouillé de son retable qui "ne cadrait plus (...) avec le style actuel de l'église devenue romane depuis sa restauration". L'autel lui-même est toutefois conservé et redoré par le même Ponse, tandis que l'ancienne clôture de chœur en bois est remplacée par une "balustrade en fonte" fournie par la maison Balancin de Mont-de-Marsan. Au cours des années suivantes, d'autres achats et dons enrichissent l'ensemble, parmi lesquels une nouvelle chaire par le fabricant aurillacais Sacreste en 1878. En 1889, les décorateurs bordelais Augier et Millet réalisent dans le chœur des peintures murales à la riche polychromie, tandis que le verrier Dagrant installe en 1904 deux verrières figurées et que des particuliers offrent plusieurs statues de série illustrant les dévotions nouvelles (Sacré-Cœur de Jésus, Notre-Dame de Lourdes, Jeanne d'Arc).
Cet ensemble demeure quasiment intact jusqu'au milieu du XXe siècle, quand le curé Jean Mauvoisin entreprend dès son arrivée en 1957, avant même la réforme liturgique issue du concile Vatican II, une modernisation radicale du décor. Un nouvel autel "face au peuple" est installé en novembre 1957, un chemin de croix en céramique acquis auprès d'Édouard Cazaux en 1959 et une vitrerie complète en dalle de verre posée dans les collatéraux par l'Albigeois Raymond Clercq-Roques en juin 1963. Dans le même temps, de manière plus contestable, l'ancien maître-autel en bois doré et deux statues classiques en bois (naguère polychrome) provenant du retable supprimé en 1871 sont vendus pour financer l'achat de bancs. Le décor d'Augier et Millet dans le chœur, celui de Ponse dans la chapelle de la Vierge, désormais désaccordés à la volonté d'épure qui préside à ces aménagements, sont recouverts d'enduits monochromes. En revanche, la redécouverte en 1961 de peintures médiévales et classiques dans l'ancienne chapelle de la Vierge (actuellement de saint Joseph) entraîne leur restauration scrupuleuse en deux étapes (la dernière par Jean-Marc Stouffs en 1988) et leur inscription au titre des Monuments historiques en 1976.
La sacristie conserve quelques pièces d'orfèvrerie sorties de fabriques parisiennes (P.-H. Favier, Paul Brunet) et lyonnaises (Villard et Fabre, J. Bouvart). Aucune n'est antérieure aux années 1870, à l'exception d'une paire d'ampoules aux saintes huiles fabriquée en province (peut-être dans les Landes ?) entre 1819 et 1838.
Jean-Joseph (surnommé Jules) Ponse, peintre et doreur à Tartas (Landes), né le 4 septembre 1816 à La Nouvelle-Orléans (selon son acte de mariage) ou à Saint-Domingue (selon son acte de décès), mort à Tartas le 6 juillet 1884. Fils de Michel Ponse (mort à Saint-Sever le 12 juin 1836) et d'Anne Marie Rose Claverie (morte à Saint-Sever le 16 décembre 1830) ; épouse à Tartas, le 8 janvier 1840, Françoise Batby (1819 - Tartas 27 juin 1891), fille de Dominique Batby, tailleur d’habits à Tartas, et d'Augustine Durou, dont il eut plusieurs enfants : Augustine Émilie (1841-1843), Émilie Angèle (1841-1858), Louis (1844-?, peintre), Marie (Souprosse 1850-1893), Émilie Caroline (1854-1858). Il était domicilié rue Neuve à Tartas en 1858.