Si l'édification d'un ouvrage défensif sur l'îlot d'Enet a été envisagée dès la deuxième moitié du 18e siècle, l'actuel fort est construit à la suite de la décision, en 1801, de Bonaparte, alors Premier consul, de renforcer la défense de la rade de l'île d'Aix contre la menace anglaise. Une commission dirigée par le directeur des travaux maritimes Ferregeau est constituée pour étudier la construction de deux forts, l'un sur le banc de Boyard et l'autre sur les rochers d'Enet. Dans un courrier daté du 2 août 1802, Bonaparte évoque "la batterie d'Enette [...] de dix pièces de canon et de six mortiers. Elle doit pouvoir battre de tout segment compris depuis le fort d'Aix jusqu'à l'endroit nommé Coudepont." Il envisage aussi l'installation d'une autre batterie, plus petite, à la Pointe de l'Epée, au nord-est d'Enet, pour assurer en toute sécurité le passage de l'île d'Aix à Rochefort.
La bataille des brûlots anglais (navires incendiaires sans équipage), qui détruit en 1809 une grande partie de l'escadre de Rochefort, montre l'urgence de protéger la rade par un nouveau système de défense. Comme Fort Boyard pour la passe ouest entre les îles d'Aix et d'Oléron, Fort Enet doit verrouiller la passe orientale de la rade en croisant ses tirs avec l'île d'Aix et la redoute de l'Eguille. Commencée en 1810, la construction est achevée à la fin de 1811 ; en décembre, le fort est remis par le génie à la marine. L'ouvrage est conçu comme une batterie en demi-cercle, constituée de terrassements maintenus par un mur d'escarpe de 4 mètres de hauteur et un mur de pierre sèche à l'intérieur. Destinée à recevoir six canons et deux mortiers, cette batterie est fermée à l'est par un mur en éperon formant redan. Un corps de garde, ne pouvant loger que quatorze hommes, et un magasin à poudre d'une contenance de 6600 kilogrammes s'élèvent dans la cour intérieure. L'ensemble est construit avec de la pierre extraite à Saint-Savinien. En 1812, l'ouvrage est armé de douze canons de 36 et deux de 4. De cet édifice initial subsiste la poudrière.
Face à une nouvelle menace anglaise, le génie décide d'ajouter, entre 1845 et 1850, un second niveau de tir pour augmenter la puissance de feux de l'ouvrage, en rehaussant ce dernier de 8 mètres. Le simple terrassement d'origine est remplacé par seize casemates en pierre, qui, bâties sur deux niveaux contre la courtine demi-circulaire et couvertes de voûtes à l'épreuve, supportent une plateforme d'artillerie. Le fort peut ainsi loger 100 hommes, répartis par huit dans quatorze casemates. Il est armé de 28 pièces de 16 mm couvrant un secteur de 180°.
Les années 1850-1860 sont marquées par une évolution importante de l'artillerie avec l'apparition des canons rayés, beaucoup plus précis et puissants. Les murs du fort sont endommagés par une épreuve de tels tirs, réalisée par les services de l'artillerie et du génie en 1861 depuis l'île d'Aix. Ces tirs, qui visent à évaluer la résistance de blindages placés sur l'escarpe, détruisent une partie des murs.
L'ouvrage, dont le rôle est devenu essentiellement dissuasif, sert de prison : en 1871, 400 insurgés y sont incarcérés, en attente de leur déportation en Nouvelle Calédonie (ils sont transportés à l'Ile-Madame en mars 1872) ; au début du 20e siècle, des bagnards y seront également détenus en attendant leur déportation.
De nouvelles tensions avec l'Angleterre conduisent à la réorganisation du fort en 1887-1888. Les casemates sont pour la plupart partiellement démolies et remblayées. Elles sont remplacées, au centre du fort, par un bâtiment rectangulaire, abritant plusieurs casemates et un magasin à poudre, tous voûtés à l'épreuve des bombes. Ce bâtiment en pierre est recouvert de sable puis d'une très épaisse dalle de béton non armé qui l'englobe complètement. Du côté oriental, cette coque forme un demi-berceau jusqu'au sol de façon à protéger la façade des casemates des obus. La dalle elle-même est enterrée sous du remblai. Les quatre casemates que l'on conserve, du côté nord, sont partiellement murées (mur en béton) et remblayées. Le magasin à poudre extérieur, trop exposé aux bombardements, est alors transformé en magasin d'artillerie. Un poste de ligne de torpilles, pour lequel une large embrasure est créée, est installé dans l'angle nord-est. A la même époque est construit à la pointe de la Fumée un poste doté d'un projecteur, appelé "feu chercheur", pour éclairer la nuit la passe, dite d'Enet, entre l'île d'Aix et le fort.
Les seules transformations qui ont lieu ensuite concernent la modernisation des plateformes de tir en 1905-1906, pour l'installation de deux batteries de canons de 100 et l'amélioration de la batterie de 27. Ces travaux sont réalisés par l'entrepreneur Abel Dodin qui construit les terrasses en béton armé selon le système Hennebique. Les batteries sont dotées de niches et de magasins à projectiles. Un poste télémétrique est également installé. Quelques années plus tard seulement, le fort est déclassé.
En 1956, le fort est acheté aux Domaines par des particuliers qui le restaurent, notamment après les dégâts causés par un tremblement de terre en 1972. Inscrit au titre des Monuments historiques en 1994, il fait l'objet de travaux de restauration menés par l'architecte Philippe Prost entre 1990 et 1997 : les casemates sont vidées des remblais et couvertes d'une plate-forme en béton reposant sur des piliers, masquée au sommet par une couche de terre végétalisée.
Entreprise créée à Rochefort en 1865 par Xavier Dodin (travaux maritimes surtout). Reprise par le fils Abel (travaux au fort Enet en 1905 - béton système hennebique). Siège parisien à partir de 1963.