La dévotion aux saints Michel, Jean-Baptiste et Roch est attestée à Caupenne au moins depuis la fin du XVIIe siècle, comme le montre l'inscription sculptée au-dessus de la porte occidentale du collatéral de l'église (réf. IM40005488). Les éléments hétérogènes qui composent l'autel nord, dédié aux trois saints, sont toutefois plus tardifs. Ils dateraient, selon la monographie paroissiale de 1881, des aménagements réalisés par le curé Augustin Farthouat, dit "le Père de Caupenne", au cours de son long ministère entre l'an VIII (1799-1800) et 1851. L'autel lui-même, d'un style encore tributaire de la rocaille du XVIIIe siècle, n'est pas antérieur aux premières décennies du siècle suivant. Le retable-lambris classique lui est sans doute contemporain, mais la composition de l'ensemble et le style respectif des deux éléments s'harmonisent assez mal. Enfin, les tableaux à l'effigie des trois titulaires sont certainement plus récents d'une trentaine ou d'une quarantaine d'années, le Saint Roch reproduisant une lithographie allemande de Friedrich August Ludy (1823-1890) d'après Heinrich Karl Anton Mücke (1806-1891), le Saint Jean-Baptiste, un tableau de Wilhelm von Schadow (1789-1862).

La "chapelle" fut réaffectée au culte du Sacré-Cœur avant 1870, date à laquelle fut peinte son effigie en médaillon sur le mur au-dessus du retable. L'inventaire de 1906 (n° 12 et 18) mentionne ainsi "un autel" et "trois tableaux" "dans la chapelle du Sacré-Cœur".