Dès la fin du 11e siècle, mention est faite d'une chapelle Notre-Dame "qui est sous le château de Marans". Après la destruction du château en 1638, et lorsque le site est réinvesti par un couvent de capucins, une chapelle est construite à cet endroit en 1661. Elle figure, avec le couvent, au sud, sur le plan de Marans par Claude Masse en 1716. A l'ouest, une croix de chemin est indiquée sur l'actuelle place Barthélémy Fabbro. Cet endroit, désormais arboré, apparaît ensuite sur le plan cadastral de 1820, avec l'ancienne chapelle des capucins à proximité. Celle-ci, tout juste acquise par la municipalité, est en très mauvais état, tout en étant de plus en plus fréquentée en raison de l'éloignement de l'église paroissiale Saint-Etienne.

Déjà envisagé en 1840, le projet de construction d'une nouvelle église, destinée à remplacer à la fois l'ancienne église Saint-Etienne et l'ancienne chapelle des capucins, est facilité par le legs d'une partie de sa fortune effectuée au profit de la municipalité de Marans par l'ancien maire et notaire Jean-Baptiste Dinot, décédé en 1864. En 1874, la fabrique paroissiale lance une souscription publique qui, ajoutée au legs Dinot et aux participations financières de la paroisse et de la municipalité, doit permettre de faire aboutir l'affaire. En 1876, on envisage de construire la nouvelle église non pas à la place de l'ancienne chapelle des capucins, mais sur le côté ouest de la place Ernest-Cognacq, en détruisant les maisons qui se trouvent dans la courbe formée par la rue Dinot ! L'architecte bordelais Allaux est même consulté. Pourtant, de longs débats sur le parti architectural du projet, un contentieux sur le legs Dinot, et le changement de municipalité, en 1878, qui retire son soutien à l'opération, retardent la mise en oeuvre de l'opération. Un procès est engagé par les souscripteurs ou leurs ayants-droits, désireux de récupérer leur argent.

La décision définitive de construire une nouvelle église à la place de l'ancienne chapelle des capucins n'est prise qu'en 1896. Le projet en est confié à l'architecte poitevin Alcide Boutaud, connu pour d'autres réalisations à Poitiers et à Niort notamment. Il livre en 1898 les plans d'un vaste édifice à nef unique, très large, précédée d'un clocher-porche à flèche en pierre. Les travaux sont adjugés le 11 septembre 1899 à M. Ligault, entrepreneur à Poitiers. Le chantier se déroule pendant toute l'année 1900, après la pose de la première pierre, le 23 avril, en présence de l'évêque de La Rochelle : l'ancienne église est démolie au cours du second semestre. Faute de ressources financières suffisantes, le clocher-porche est finalement abandonné : on se contentera d'un beffroi provisoire au sommet de la façade occidentale, pour abriter les deux cloches de l'ancienne église. L'église est finalement bénie le 27 mai 1902 par l'évêque de La Rochelle. En 1906, au moment de la dissolution de la fabrique paroissiale, l'architecte Boutaud et l'entrepreneur Ligault n'ont toujours pas été payés intégralement, une dette qui court encore en 1920.

En 1919, le curé Léonce Chauvreau émet l'idée d'ajouter au choeur de l'église deux chapelles absidiales, pour honorer les Marandais morts pendant le guerre 1914-1918. La souscription publique qui est lancée ne rapporte pas assez d'argent. En 1920, on renonce aux chapelles (il n'en reste aujourd'hui que des pierres d'attente et trois grandes ouvertures murées, dans la partie inférieure du chevet), et on se contente de deux tableaux commémoratifs.

L'absence de clocher laisse encore plus un goût d'inachevé, au point que dès 1949, une étude est confiée à R. Farradèche, architecte à Paris, pour créer un campanile. Plusieurs propositions sont faites, dont l'une d'un clocher-mur au sommet du pignon ouest, capable d'abriter trois cloches. Trop coûteux, le projet est écarté. L'église reste ainsi jusqu'à une donation effectuée en 1987 par Barthélémy Fabbro, né en 1894 et qui a passé son enfance et une partie de son adolescence à Marans, avant de servir le shah d'Iran comme chauffeur puis de s'installer à Paris comme gérant d'une entreprise de mécanique automobile. Le projet architectural, d'un montant de 4,7 millions de francs, est établi par le cabinet marandais d'architecture Atelier d'Aligre, de Francis Pasquel et Pierre Chicot. Il allie des matériaux modernes aux formes déjà proposées par Alcide Boutaud en 1898. La première pierre du nouveau clocher-porche est posée le 22 mai 1988. Lors des travaux, l'escalier qui reliait l'ancienne église et la place, conservé en 1900, disparaît. Le 28 juillet, le fût en béton du clocher est achevé et la structure en acier de la salle panoramique prévue sous le beffroi, a été hissée par grue. En ce jour anniversaire de M. Fabbro, un hélicoptère tente de positionner la flèche en aluminium, réalisée par l'entreprise Maréchal, de Marans, spécialisée dans la construction des mâts de bateaux de compétition. Mais le vent retarde l'opération, réitérée avec plus de succès le 2 août, grâce à une grue. Le nouveau clocher est béni le 25 février 1990 par l'évêque de La Rochelle, quelques mois après le décès de M. Fabbro, survenu le 2 avril 1989, à Marans. Sous le porche du clocher, une plaque en bronze rappelle sa générosité, et son nom est donné à l'ancienne place des Capucins qui précède l'église à l'ouest.