Le lieu de la lagune est mentionné dès le 16e siècle comme un village de quelques maisons.
En 1627, le courtier Jean Dalies possède "maisons, grange, courtieux, jardin, terre et bois", le tout acquis de son beau-père le sieur Ayral qui aurait fait construire en 1567.
En 1698, un acte notarié nomme pour propriétaire le "Conseiller du roy et Controlleur des fortifications de Guienne" Jean Lavaud. En 1719, son fils Jean-François muni d'une charge de Trésorier de France, se marie à Marie Videau, fille d'un bourgeois bordelais, qui lui apporte une forte dot et le domaine du Poujeau à Moulis. Après la mort de son beau-père (1729), il entreprend la construction du domaine. Trois dates portées peuvent correspondre à la fin du chantier :
- 1730, sur l'arc du passage de l'aile est et sur la cheminée d'un des appartements de cette même aile ;
- 1734, sur l'arc du passage de l'aile ouest.
On peut supposer que la demeure est achevée entre ces deux dates.
Dans le grand salon, des toiles peintes ornent les dessus-de-porte, avec notamment la représentation de l'Architecture, d'après la décoration conçue par Carle Van Loo pour le Salon de Compagnie du château de Bellevue pour Madame de Pompadour en 1753 (le modèle a été diffusé à travers la gravure d'Etienne Fessard publiée en 1756).
Les plans figurant les lieux vers 1740 puis vers 1770 montrent la connexion entre la demeure et les jardins qui l'entourent. Dans l'axe de la façade sud et de la cour accessible par un portail, des parterres sont disposés symétriquement de part et d'autre d'une allée centrale ; à l'est se trouve un vaste verger, à l'ouest une "ormière". Côté nord, une allée est dessinée dans le même axe. Y est mentionnée une "plateforme" reliée à l'allée plantée d'arbres par un pont dormant (détruit dans les années 1950) qui enjambe un chemin.
En 1775, le neveu de Jean-François de Lavaud, Victor Rozier, reconnaît tenir le domaine, bien qu'il revende avec ses frères et sœurs l'année suivante à un conseiller et secrétaire du roi, Pierre Seguineau. La vente concerne d'autres domaines dont certains au Pian-Médoc, le tout pour 220 000 livres. En 1819, la succession des héritiers Seguineau est actée en faveur de Jacques-Louis-Joseph Malherbes puis le domaine de la Lagune passe dans les mains de la famille Piston.
En 1855, La Lagune figure parmi les 3e crus dans le classement des vins de Bordeaux ; le vignoble produit 50 tonneaux en 1868 et s'étend sur 50 hectares.
En 1886, la vente de La Lagune est réalisée au profit de deux négociants : Nicolas Sèze et Paul Clossmann. Sèze va s'occuper du domaine ludonais et agrandir le vignoble. La famille Sèze possède à la fin du 19e siècle plusieurs domaines dans la commune (Lafitte-Canteloup, Pères-Pomis d'Agassac).
Chercheur communauté de communes Médoc-Estuaire (2013-2015). Chercheur PNR Périgord-Limousin (2016-2020).