Absent du plan cadastral de 1846 et figurant sur une lithographie de Brugasse en 1853, le chalet Marguerite est édifié à l'initiative de la comtesse et du comte de Barraute autour de 1850 dans le but de développer le site thermal de Saint-Christau. Sous le Second Empire et la Troisième République, il figure sur les lithographies publicitaires des années 1860-1870 puis sur quelques cartes postales de l'entre-deux-guerres. Il est le plus emblématique des trois chalets de location (voir les chalets Bleu et Rose) que compte la station.

Comme les trois hôtels du domaine thermal, le chalet Marguerite est réquisitionné durant la Première Guerre mondiale mais pas au cours de la Guerre civile espagnole. Il est ensuite largement détérioré par l'occupation allemande entre 1943 et 1944, dont le montant des dommages s'élève à 400.000 francs sur un préjudice total de près de 5 millions de francs pour l'ensemble de la station. Le récapitulatif des dégâts immobiliers dressé par Fernand Noutary le 15 septembre 1949 révèle que le chalet compte parmi les équipements nécessitant le plus de travaux, après l'hôtel de la Poste (un million de francs) et l'hôtel du Mogol (1.6 millions de francs). Cet édifice élégant mais aux proportions modestes, qui fut probablement investi par les officiers de l'armée allemande habitués à s'installer dans des demeures cossues de leur territoire d'occupation, dépasse même les dégâts occasionnés au casino (317.000 francs). Mais, malgré l'estimation des travaux à prévoir, l'architecte conclut que le chalet est globalement en assez bon état. Aussi de nombreux travaux (peinture, vitrerie, menuiserie etc.) sont-ils effectués entre 1948 et 1953 sous le contrôle de Fernand Noutary.

Depuis le rachat du domaine par la Société Thermale de Saint-Christau en 1951 puis son exploitation et son acquisition par la famille Barthélémy (future Chaîne Thermale du Soleil) à partir de 1964, le chalet Marguerite a été rénové dans les années 2000 et il est toujours inclus au sein de l'offre d'hébergement en tant que meublé de tourisme classé trois étoiles.