Les deux premiers bassins à flot de Rochefort sont mis en service en 1869. Ils deviennent très vite insuffisants malgré leur importante superficie (1 ha 10 pour le premier et 1 ha 35 pour le second).
Le bassin n° 1 remplace l'ancien port marchand formé par le creusement d'un chenal en 1673 pour le service du magasin aux vivres. Ce chenal est réaménagé en bassin d'échouage, après 1785, pour accueillir les gabares et les petits navires venant prendre ou porter les denrées stockées et transformées dans le magasin. Ce bassin est agrandi pour former le bassin n° 1. Ce dernier communique avec la rivière par un sas éclusé d'une longueur de 63 m et de 14 m de largeur. Un bureau de port est édifié sur le terre-plein de l'écluse vers 1870.
Le bassin n° 2 est aménagé dans la continuité du premier, hors de la ville, de l'autre côté des fortifications démolies à cet effet. Les deux bassins sont reliés par un canal de 20 m de large que deux pont tournants permettent de franchir. Au moment de ces aménagements, la marine concède au service des Ponts et chaussées une partie des terrains et des bâtiments situés autour de la vieille forme qui fait elle aussi partie des biens cédés.
Les deux bassins sont sujets à l'envasement et, dès 1872, un matériel de dragage est nécessaire pour leur désenvasement : un bateau-pompe est complété quelques années plus tard par une drague à godets. Les quais sont dotés d'une voie ferrée qui les mettent en communication avec le réseau des chemins de fer de l'Etat et de la Compagnie d'Orléans. Cette dernière a placé une grue fixe sur le quai est du bassin n° 2 qui bénéficie par ailleurs d'une cale aux bois aménagée au milieu du quai nord. Autour se trouvent une usine de briquettes de charbon - créée par Emile Cordier et rachetée en 1884 par la Société Delmas de La Rochelle - , des magasins de bois du Nord et des dépôts de charbon.
La construction du bassin à flot n° 3 et la diminution du trafic maritime entraînent une baisse conséquente de l'utilisation des premiers bassins au début du 20e siècle. Après le sabotage des installations du port par les troupes allemandes à la fin de la Seconde Guerre mondiale, ils sont complètement abandonnés et s'envasent. Les usines installées autour du bassin n° 2 ferment tour à tour, en 1982 pour l'usine de briquettes de charbon Delmas.
Dans les années 1970 pour le premier, et la fin des années 1980 pour le deuxième, les bassins sont recreusés et transformés en port de plaisance. Les bassins portent désormais les noms de La Pérouse et Bougainville. Le bassin n° 2 Bougainville fait l'objet d'un programme architectural, et des résidences sont édifiées sur ses trois côtés ouest, nord et est. Une capitainerie est édifiée du côté est du canal de jonction des deux bassins. De ce côté du bassin n° 1, différents bâtiments s'élèvent sans projet concerté, semble-t-il, ce qui permet à un chantier naval d'y trouver place. Dans les deux bassins, des pontons flottants sont installés pour l'accostage et l'amarrage des bateaux de plaisance.
En 1991 est mis en service un pont levant appelé Pont de Papenburg, du nom de la ville allemande jumelée avec Rochefort, au-dessus du canal de jonction des deux bassins.
