La commande des autels secondaires de la nouvelle église d’Eaux-Bonnes n’est pas documentée, la plupart d’entre eux ayant apparemment été offerts par des personnes privées sans que des archives conservent la trace de ces dons. Quelques-uns, voire la totalité, pourraient revenir au marbrier oloronais Jean-Baptiste Hum (1826-1893), auteur du maître-autel en 1879. Des détails structurels et/ou ornementaux communs permettent de définir deux ensembles ou types : au premier appartiennent les autels actuellement dédiés à la Vierge (ex-saint Joseph), au Sacré-Cœur, à saint François d’Assise (ex-Notre-Dame du Mont Carmel), à sainte Thérèse (ex-saint François d’Assise), à saint Vincent de Paul (ex-sainte Thérèse) et à saint Joseph (ex-saint Jean-Baptiste) ; au second, les autels de saint Étienne et de sainte Anne (ex-saint Vincent de Paul). L’autel de saint Antoine de Padoue n’appartient à aucun de ces deux ensembles.

A une date récente et pour une raison inconnue, la quasi-totalité des statues qui surmontaient les autels ont été déplacées d’un meuble à l’autre, sans tenir compte de leur dédicace primitive, identifiable grâce à l’iconographie spécifique de leurs décors et, pour six d’entre eux, à celle des verrières qui les surmontent. Ainsi, l’autel actuellement dédié à saint Joseph l’était-il originellement à saint Jean-Baptiste, co-titulaire de l’église, comme l’indiquent le monogramme du saint gravé sur la table et la présence au-dessus du meuble d’une verrière du Baptême du Christ par saint Jean-Baptiste. La statue de saint Joseph surmontait avant ces transferts l’autel axial du collatéral droit, aujourd’hui dédié à la Vierge.