Relevant de la première vague de construction de la station, aux abords de l'établissement thermal et voisin immédiat de l'église, cet édifice, figuré sur le plan géométrique de 1841, a été construit en 1837 pour Antoine Castille sur un terrain communal de 336 m² baptisé Tavernier, qui lui fut adjugé aux enchères pour 4.900 francs. La vente est approuvée par le sous-préfet le 28 août 1837. Le propriétaire y établit alors une auberge, mentionnée dès son ouverture dans le guide Vastel en 1838.
Le 2 décembre 1852, un acte de vente sur le principe du viager est signé par Antoine Castille au profit de Jean-Baptiste Loumiet, propriétaire à Laruns, pour la somme de 10.000 francs. L'acquéreur doit verser ce montant sous la forme d'une rente annuelle jusqu'au décès du vendeur et de son épouse, Marie Dupin, "la rente ne devant s'éteindre qu'au décès du dernier mourant des époux Castille".
En 1864, Loumiet dépose plainte auprès du conseil municipal d'Eaux-Bonnes et de la préfecture des Basses-Pyrénées en raison des dégradations provoquées par le chantier de reconstruction de l'église, sur le terrain adjacent. Afin de résoudre le problème, la commune propose d'acquérir la bâtisse mais, en octobre 1864, le propriétaire se plaint de la stagnation de la situation. A la suite de diverses démarches - notamment une expertise du surveillant de travaux Turon - et après autorisation du préfet délivrée le 22 novembre 1865, la commune s'engage à acheter la maison et ses dépendances au prix de 45.000 francs, afin de dégager l'église en construction. Cette acquisition vise en outre à aménager un presbytère ou une école de filles. Toutefois, les époux Castille étant toujours en vie, la commune hérite des conditions du viager. Une partie du montant de la maison - 23.000 francs - doit donc être versée à Loumiet après leurs décès.
Deux ans plus tard, l'édifice a déjà changé de fonction, le plan cadastral de 1866 le mentionnant comme presbytère. En 1869, le curé Daguerre signale la nécessité urgente d'effectuer des travaux pour réparer le système d'eau courante, hors d'usage à cause du chantier de l'église, en captant des filets d'eau vers la cuisine et le lavoir. Ces travaux consisteraient également en la reconstruction d'un appentis qui abrite la buanderie et le lavoir. Le prêtre se trouve face à une fin de non recevoir de la part du préfet. L'année suivante, il réitère sa démarche en précisant que le presbytère est le seul bâtiment privé d'eau dans toute la station et que l'annexe est "tombée de vétusté". Le prêtre propose alors d'avancer la somme des travaux, dont le devis serait dressé par Turon, à condition que la commune s'engage à la lui rembourser via une délibération approuvée par le préfet dans les trois premiers mois de l'année 1870. Rien atteste des suites de cette affaire, compte-tenu des vestiges se trouvant à l'arrière de l'édifice, à flanc de montagne.
Par la suite, le presbytère connaît des travaux de réparations divers, notamment après la Seconde Guerre mondiale, au niveau de la façade au rez-de-chaussée et sans doute dans la distribution intérieure, puis au niveau de la toiture entre 1959 et 1975. L'édifice abrite de nos jours une habitation privée.