Chargée de l'installation d'une voie ferrée entre Bayonne et Irun, la Compagnie des chemin de fer du Midi ne prévoyait pas dans un premier temps la construction d'une gare à Bidart. D'après le registre des délibérations de 1861, le conseil municipal refusa toutefois de laisser les bidartars dans l'isolement. La requête de la commune fut acceptée et une station ferroviaire fut construite entre 1864 et 1866 dans un ancien champs au sud du bourg. La création de nouvelles voies permit de la relier à la route royale n°10. La gare apparaît sur une carte postale datant de la fin du 19e siècle ou du début du 20e siècle. De plan massé, elle était couverte d'un toit en pavillon. La façade donnant sur le quai était ornée d'une horloge et de l'inscription "BIDART". A gauche, un second volume de taille plus petite abritait les toilettes.

D'après le registre des délibérations, en janvier 1866, les habitants de la commune et les étrangers venant séjourner à Bidart ou à Guéthary refusèrent que le nom donné à la halte soit "Guéthary", celle-ci étant située sur le territoire de Bidart. La gare de Guéthary ne vit le jour quant à elle qu'en 1884. Dès 1887, la municipalité déplora que l'arrêt des trains à Bidart ne soit pas systématique, les horaires n'encourageant pas, selon elle, le tourisme, le commerce ou la distribution du courrier. En 1908, la municipalité persista dans ses revendications, notamment par rapport à Guéthary où tous les trains, en particulier les Express, s'arrêtaient. En janvier 1917, la municipalité déclara que la gare était fermée jusqu'à la fin des hostilités mais c'est par la voie ferrée que le maire de l'époque, Joseph Michelena, réussit à obtenir un wagon rempli de 40 000 kg de pomme de terre pour ravitailler la commune.

La gare cessa de fonctionner au début des années 1990. Elle est aujourd'hui désaffectée.