L'église de Saint-Séverin-sur-Boutonne est érigée au 14e siècle, au sud d'un ancien sanctuaire qui était compris dans les bâtiments d’une puissante abbaye de chanoines réguliers de l’ordre de saint Augustin. Cette abbaye aurait été fondée en 1068 ou 1069 par Guy Geoffroy ou Guillaume VII, duc d'aquitaine et comte de Poitou. L'église, bâtie dans l'enclos de l'abbaye, est l'unique vestige de cet établissement conventuel qui s'étendait au nord et à l'ouest et qui était entouré d'un mur subsistant par endroits. Des fouilles réalisées en 1878 dans un champ au nord de l’édifice religieux ont permis de mettre au jour les fondations de l'ancien sanctuaire datant vraisemblablement du 11e et 12e siècle et détruit au 16e siècle. Une crypte, renfermant de nombreux tombeaux, a également été découverte.

L'édifice était intégré à un ensemble défensif qui commandait l’un des rares passages à gué de la Boutonne. Voûté d'ogives, il est doté d'un bras de transept sud (ou chapelle) muni de contreforts d'angle surmontés d'échauguettes. Duguesclin y séjourne vers 1372 lorsqu’il combat les anglais. Au 15e siècle cette église est réduite, la nef est raccourcie tout comme le chevet : le pignon est, avec sa grande fenêtre et ses contreforts, date de cette campagne de travaux.

En 1568, l’édifice a été incendié par les Huguenots. C'est vraisemblablement lors de cet événement que les voûtes et une partie des murs de l'église sont détruites. La nef est couverte par la suite d'une nouvelle toiture plus basse, et le mur pignon ouest est rebâti. Sur un plan d'une partie de la forêt de Chizé du 17e siècle, l'abbaye est représentée entourée de murs et dotée d'un grand clocher.

L'abbaye perd de son importance et n'est plus habitée que par quelques religieux, elle devient simple presbytère de la paroisse. Elle continue cependant à percevoir les revenus de ses 80 prieurés. Ainsi, vers 1780, le poète Delille, commendataire, perçoit annuellement 3500 livres de bénéfice. Au moment de la Révolution, il reste dans l'enclos de l'abbaye, près de l'église, une maison, des servitudes et le presbytère.

En 1810, il est question de démolir l'église quasiment en ruines, mais les habitants s'y opposent catégoriquement et l'édifice est restauré au cours des années 1840 ; il est vraisemblable que le mur pignon ouest soit rebâti lors de cette campagne de travaux.

Lors de fouilles menées en 1882, contre le mur nord de l’édifice, les archéologues ont découvert les vestiges d’un clocher, écroulé en 1774, dans lequel se trouvait la statue en pierre peinte du saint aujourd’hui exposée dans l’église.